Depende en gran medida de la carrera que elijas, sin embargo es una opinión generalizada que la UNAM es una de las mejores universidades del país, y no sólo del país si no que está considerada la mejor en todo Iberoamérica y a nivel internacional está muy bien posicionada, incluso arriba de algunas europeas y estadounidenses, según el CSIC (Consejo Superior de Investigaciones Científicas de España) y el Times Higher Education Suplement.
También un sitio importante lo tiene el IPN, sobre todo en cuanto a científicas y tecnológicas, junto con sus centros de investigación y estudios avanzados (cinvestav).
Por otro lado, para carreras administrativas, empresariales y cosas por el estilo, está el Tec de Monterrey, que es un instituto tecnológico de estudios superiores y de colegiaturas muy altas, que si bien tiene cierto prestigio nacional no trasciende internacionalmente, en comparación con las universidades públicas de mayor calidad en el país.
En cuanto al ámbito regional, se considera a universidades públicas como la UAP, la UAM, UDG, UANL, UDLA e IBERO, como las mejores, si tomamos en cuenta su índice de publicaciones, programas con reconocimiento de calidad por el CONACYT, no. de investigadores adscritos al SNI, etc.
Así que, esa es mi pequeña aportación para responder tu pregunta.
Saludos
Belén